广西水牛研究所不断拓宽与国内的科技交流合作领域，积极联合国内的中坚力量开展技术合作，先后与区内外的中国科学院、中国农业大学、南京农业大学、浙江大学、广东佛山医学院、广西大学等科研机构和高等院校共同开展项目合作和人才培养。通过优势互补、互惠共赢，来实现水牛科技和产业的快速发展。

广泛的合作带来互惠共赢的成果，例如，与广西大学合作，诞生了世界首例XY精子性别控制水牛和世界首例胚胎分割-性别控制水牛,此项成果荣获了广西科技进步一等奖。